高座寺位于南京城南中华门外的雨花台,始建于西晋永嘉年间,原名为“甘露寺”。
据《金陵梵刹志》记载,东晋初年,西域沙门尸梨密多罗南渡来游建康,为丞相王导所敬重,于是在该寺讲经说法。由于他讲经时坐在高处,被人尊称为“高座道人”,时人于是也以“高座”为寺名。另一说法,高座道人后卒于建康,并葬于该寺,元帝为其树塔建冢,于是该寺改名为高座寺。
高座寺于洪武初年废.后建筑也多毁于大火。景泰癸酉(1453年)年间,礼部尚书胡滢前来进香,该寺的规模尚存,只是破败不堪。成化年间,僧人照堂广募钱财,想要加以修缮,到弘治戊申年(1488年)腊月正式动工恢复拓建,丙辰年十月(1496年)完工,先后恢复了药师、净业两大殿以及东室、西堂、钟鼓楼、厨房等建筑,寺后即为雨花台。传有云光法师坐山巅说法,其至诚感应佛祖,天上落花如雨,坠地成石,雨花台之名由此而来。